Il suo aspetto è cambiato ed evoluto nel corso della Storia. Uno dei cambiamenti più importanti fu la sua estensione verso nord, all'epoca di Abd al-Rahman III, con la demolizione dell'antico minareto di Hisham I, e l'ampliamento laterale verso est a opera di Almanzor. In epoca islamica era il luogo in cui si svolgevano attività pubbliche (amministrazione della giustizia, insegnamento). Gli archi tra la sala di preghiera e il cortile erano aperti. Fin dall'inizio fu progettato un cortile porticato (le gallerie cominciarono a essere costruite con Abd al-Rahman I e furono completate con Hisham I, che costruì il minareto e la sala delle abluzioni). I chiostri attuali sono il risultato di un rifacimento totale eseguito nei primi decenni del XVI secolo dal vescovo Martín Fernández de Angulo, sotto la direzione dell'architetto Hernán Ruiz I. Sotto gli aranci si trova un'ampia cisterna che garantiva l'acqua necessaria per le purificazioni dei musulmani. Già nel XIII secolo era piantato a palme, e dal XV secolo sappiamo dell'esistenza di aranci. Nel XVIII secolo furono aggiunti ulivi e cipressi.