El alminar levantado por Abderraman III se conserva en el interior de la actual torre de campanas. El Cabildo Catedralicio toma la iniciativa de arreglarla en 1593, ya que había quedado deteriorada a causa de una tormenta. El proyecto lo lleva a cabo Hernán Ruiz II quién demolió en parte el antiguo alminar y concluye el cuerpo de campanas. Continúan las obras en el siglo XVII, cuando Juan Sequero de Matilla construye el cuerpo del reloj. A finales de ese siglo se cimenta por peligro de ruina para reforzarla. El campanil es obra de Gaspar de la Peña que lo realiza en 1664. La escultura de San Rafael sobre la torre corresponde a los escultores Bernabé Gómez del Río y Pedro de la Paz.
